在鸟类亚种的分类工作上，郑作新也做出了出色的贡献。关于鸟类分类的工作，世界各国鸟类学家已经做了二、三百年，现今在北半球的范围内，鸟的新亚种已经很难发现了。但从中华人民共和国成立以来，我国鸟类工作者就一共发现了２４个新亚种，包括郑作新独自发现和他的助手合作发现的１６个。其中郑作新等所发现的“峨眉白鹇”最有轰动性。发现白鹇新亚种的论文于１９６４年在我国《动物学报》上发表后，曾把论文的抽印本寄赠给原东德的著名鸟类学家Ｅ．施特斯曼（Ｓｔｒｅｓｅｍａｎｎ）教授，得到国际学术界的赞许。美国芝加哥博物馆的Ｆ．史密斯（Ｓｍｉｔｈ）３０年代曾在我国四川采得白鹇，但他并未发现这是个新亚种。他的后继者Ｍ．Ａ．特雷勒（Ｔｒａｙｌｏｒ）６０年代重新查看这个鸟类标本，才研究出这是一个新亚种，他为了尊重郑作新教授在中国鸟类学上的贡献，拟命名为“郑氏白鹇”（Ｌｏｐｈｕｒａ ｎｙｃｔｈｅｍｅｒａ ｃｈｅｎｇｉ），并写成论文投登英国的一个著名鸟学专刊（Ｂｕｌｌｅｔｉｎ ｏｆ Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｏｒ－ｎｉｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｌｕｂ）。这个刊物的主编把这篇论文寄给施特斯曼教授审查，他确认这个新亚种已经由郑作新本人先发现了。特雷勒命名的“郑氏白鹇”只不过是郑作新教授发表的“峨眉白鹇”（Ｌｏ－ｐｈｕｒａ ｎｙｃｔｈｅｍｅｒａ ｏｍｅｉｅｎｓｉｓ）的同物异名，因而不予刊出。事后施特斯曼博士写信给郑作新说明了中国的这一领先发现。郑作新为祖国赢得了荣誉。
随后，郑作新综合研究了白鹇的所有亚种，它们分布在东南亚各地，而最多数的亚种是集中在云南南部，因而认为此处可能是白鹇的起源地。白鹇所有亚种的雄鸟都具有白色尾羽，这无疑是比较发达的特征。而峨眉白鹇亚种的雄鸟却具有黑色的外侧尾羽；另有二个亚种的雄鸟，其外侧尾羽亦杂有明显的黑斑，一个在海南岛，另一个在越南南缘。这三个亚种由于雄鸟的外侧尾羽尚未完全变白，因而认为是比较低等的亚种。值得注意的是，这些低等亚种却都住在白鹇分布范围的边缘地区。以前一般认为存在低等类型亚种的地区是这一个种的起源地，郑作新依据白鹇的亚种分化与分布情况，认为比较低等类型的亚种并不在种的起源地，而是被排挤残存在这一个种分布范围的边缘。不但亚种如此，郑作新近来研究种的进化，发现在一个属中，高等类型的种也是在属的起源地，而低等类型的种却被排挤到边缘地区去。这从噪鹛及鸦雀等种的演化上都可提供证据。这是郑作新的独特见解。他认为这与达尔文进化论优胜劣汰的提法是相符的，是对生物进化论具有理论意义的补充论证。
郑作新通过对亚种分化的分析，还提出亲缘种在亚种分化上有平行趋向，因而对它们的亚种分化可能进行预测。在鸟类中的大陆亚种与附近岛屿上的亚种相较，后者翅膀常较前者为短，他认为以此可得知岛屿上的亚种是有定向分化的意义。
近年来一般的家禽书籍都记载中国家鸡是从印度引入的。这来源于达尔文的著作《动物和植物在家养下的变异》，但达尔文的论断只是根据一部《中国百科全书》。郑作新根据对我国许多有关古籍的仔细查考和到云南南部等处的实地考察，又参照考古发掘史料所取得的证据，断认鸡的驯化在我国至少已有３０００多年的历史，并不晚于印度首先提到家鸡的《玛奴法典》（公元前１２００年）。根据考证，他认为可以有力地说明中国家鸡的祖先是中国的原鸡，是由中国人自己进行驯化的，而不是由印度引入的。
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